故事发生在不久的将来，那时超能力者的存在成为理所当然的事情，然而他们与普通人的隔阂却未完全消失，年轻的天才科学家皆本光一（20岁），肩负起照顾拥有最强超能力的三名少女的使命（幸福的男人？），这三个少女就是明石熏（10岁）、三宫紫穗（10岁）和野上葵（10岁），她们不分日夜，在内务省特务机关的超能力支援研究局（通称BABEL）旗下从事着危险任务。不过，这三个人虽然可爱，但性格上很有一点问题（漫画第一话名为《我们不是天使》，大家明白了吧）……皆本光一的任务就是引导她们走向正途，成为对社会有用的人才。但面对这三个超级早熟又任性的女孩，皆本每天都烦恼不已。