对超自然事件的调查一直是FBI探员莫德和斯嘉丽的专长，不过刚从神秘非洲归来的金·贝辛格和“纽约干探”吉姆·斯密特亦有玩票之意，两人一拍即合，一出“X档案”大电影就此上演！玛吉（金·贝辛格饰）是纽约一家医院的护士，一个阴雨的圣诞夜，玛吉平淡的生活被打破，多年没有联络的妹妹吉娜突然出现在她的面前，还给她带来一个叫做柯蒂的新生儿。可爱的柯蒂一下子就打动了玛吉的心，玛吉把她收养下来。六年后，吉娜又闯入了玛吉的生活，而且伙同她神秘的丈夫艾里克将柯蒂绑架而去。接手这一案件的FBI探员约翰认定这是一个大阴谋，因为柯蒂和之前失踪的一批儿童都是同一天生日。约翰和玛吉联袂调查之下，终于发现患有孤独症的柯蒂实际上具有超乎常人的力量，而吉娜所在的邪教正希望借助这一力量实现他们不可告人的目的……